Les quinze îles dispersées à travers l'archipel d'An Thoi — une zone marine protégée de 36 000 hectares à la pointe sud de Phu Quoc — abritent certains des écosystèmes coralliens les plus intacts du Vietnam, avec une visibilité atteignant 20 mètres pendant la saison sèche et des zones récifales accueillant plus de 200 espèces de coraux durs et mous. L'archipel a obtenu une protection juridique en 2007, stoppant l'accès des chalutiers et permettant aux coraux corne de cerf, coraux cerveau et coraux tabulaires de se régénérer sur des bancs peu profonds qui avaient été dépouillés par des décennies de pêche commerciale. L'île de May Rut, connue pour son banc de sable en croissant qui émerge à marée basse, se trouve à seulement neuf kilomètres au sud-ouest du port d'An Thoi ; le lagon peu profond de l'île de Mong Tay dépasse rarement trois mètres de profondeur, créant des conditions de nurserie pour les poissons-perroquets, les poissons-anges et les barracudas juvéniles ; la côte est de l'île de Gam Ghi présente des jardins rocheux submergés où des gorgones s'ancrent au substrat volcanique formé lors du soulèvement pléistocène de l'île. Les itinéraires d'excursion privée de 3 îles à Phu Quoc se concentrent sur ces trois sites car ils forment un triangle géographique serré — temps de trajet total inférieur à 40 minutes en hors-bord — et offrent une topographie sous-marine différenciée au sein d'un seul départ matinal. Le banc de sable de May Rut permet aux non-nageurs de patauger avec de l'eau jusqu'à la taille au milieu des bancs de demoiselles ; les herbiers marins de Mong Tay attirent les tortues vertes de mai à septembre ; la zone de tombant de Gam Ghi descend jusqu'à 12 mètres, adaptée aux amateurs de plongée en apnée confiants qui suivent des murènes et des poissons-lions le long du rebord. La désignation de zone protégée interdit la pêche dans un rayon de 500 mètres autour de chaque île, et les patrouilles saisonnières d'application de la loi ont augmenté de manière mesurable la biomasse de poissons — une étude de 2024 a enregistré une augmentation de 63 % des espèces associées aux récifs par rapport aux données de référence de 2015. Les opérateurs de hors-bord au départ du port d'An Thoi suivent un itinéraire dans le sens des aiguilles d'une montre pour minimiser la consommation de carburant et s'aligner sur les fenêtres de marée ; les départs matinaux entre 08:00 et 10:00 coïncident avec la marée haute, lorsque la vitesse du courant tombe en dessous de 0,5 nœud et que la suspension des sédiments se dissipe. Chaque île offre des bouées d'amarrage installées par l'unité provinciale de conservation marine pour éviter d'endommager les bancs de coraux avec les ancres. L'importance écologique de l'archipel s'étend au-delà de la plongée en apnée récréative — il sert de réservoir génétique pour les projets de restauration des coraux dans tout le golfe de Thaïlande, avec des événements de frai documentés chaque avril et octobre lorsque la température de l'eau se stabilise entre 27 et 29 degrés Celsius.