Las quince islas dispersas por el archipiélago de An Thoi —un área marina protegida de 36.000 hectáreas en el extremo sur de Phu Quoc— albergan algunos de los ecosistemas de coral más intactos de Vietnam, con una visibilidad que alcanza los 20 metros durante la estación seca y zonas de arrecifes que albergan más de 200 especies de coral duro y blando. El archipiélago obtuvo protección legal en 2007, lo que detuvo el acceso de los arrastreros y permitió que los corales cuerno de ciervo, cerebro y mesa se regeneraran en lechos poco profundos que habían sido esquilmados por décadas de pesca comercial. La isla May Rut, conocida por su banco de arena en forma de media luna que emerge con la marea baja, se encuentra a solo nueve kilómetros al suroeste del puerto de An Thoi; la laguna poco profunda de la isla Mong Tay rara vez supera los tres metros de profundidad, creando condiciones de guardería para peces loro, peces ángel y barracudas juveniles; la costa este de la isla Gam Ghi presenta jardines de roca sumergidos donde las gorgonias se anclan a un sustrato volcánico formado durante la elevación del Pleistoceno de la isla. Los itinerarios del tour privado por 3 islas en Phu Quoc se concentran en estos tres sitios porque forman un triángulo geográfico cerrado —el tiempo total de viaje es de menos de 40 minutos en lancha rápida— y ofrecen una topografía submarina diferenciada dentro de una sola salida matutina. El banco de arena de May Rut permite a los no nadadores caminar con el agua a la cintura entre bancos de peces damisela; los lechos de pastos marinos de Mong Tay atraen tortugas verdes de mayo a septiembre; la zona de caída de Gam Ghi desciende hasta los 12 metros, adecuada para esnorquelistas seguros que rastrean morenas y peces león a lo largo de la cornisa. La designación de área protegida prohíbe la pesca a menos de 500 metros de la costa de cada isla, y las patrullas de control estacionales han aumentado considerablemente la biomasa de peces: un estudio de 2024 registró un aumento del 63% en las especies asociadas a los arrecifes en comparación con los datos de referencia de 2015. Los operadores de lanchas rápidas que salen del puerto de An Thoi siguen una ruta en el sentido de las agujas del reloj para minimizar el consumo de combustible y alinearse con las ventanas de marea; las salidas matutinas entre las 08:00 y las 10:00 coinciden con la marea alta, cuando la velocidad de la corriente cae por debajo de 0,5 nudos y la suspensión de sedimentos se aclara. Cada isla ofrece boyas de amarre instaladas por la unidad provincial de conservación marina para evitar daños por anclas en los lechos de coral. La importancia ecológica del archipiélago se extiende más allá del esnórquel recreativo: sirve como reservorio genético para proyectos de restauración de corales en todo el Golfo de Tailandia, con eventos de desove documentados cada abril y octubre, cuando la temperatura del agua se estabiliza entre 27 y 29 grados Celsius.