L'excursion de 3 îles à Phu Quoc est organisée depuis le port d'An Thoi depuis le début des années 2010, lorsque les opérateurs de hors-bord ont commencé à transporter les amateurs de plongée en apnée vers trois sites de récifs peu profonds : May Rut Trong, Gam Ghi et Mong Tay. Chaque île se trouve au sein de la zone marine protégée établie pour conserver les colonies de coraux durs, les herbiers marins et les zones d'alimentation des dugongs. La visibilité atteint son apogée entre novembre et avril, lorsque les moussons du nord-est s'apaisent et que les sédiments se déposent. Les frais de conservation de 30 000 VND, introduits en 2018, financent des stations de surveillance des récifs et des patrouilles anti-chalutage sur 31 422 hectares de fonds marins protégés.
May Rut Trong, l'arrêt le plus au nord, présente des coraux tabulaires et des formations de coraux corne de cerf dans deux à quatre mètres d'eau. La rive est de Gam Ghi abrite des coraux cerveau et des groupes de coraux corne d'élan fréquentés par des poissons-perroquets et des poissons-demoiselles. Mong Tay, le plus petit îlot, offre un lagon peu profond où les poissons-clowns nichent dans des anémones ancrées au substrat calcaire. Chaque site soutient des morphologies coralliennes distinctes façonnées par les modèles de courants et la composition du substrat. La zone centrale du parc marin interdit la pêche et l'ancrage, tandis que les zones tampons autorisent la pêche à la ligne limitée selon des quotas saisonniers.
Les hors-bords quittent le port d'An Thoi entre 08h00 et 09h00, pour revenir vers 15h00 ou 17h00 selon l'itinéraire. Les excursions de trois îles allouent généralement quarante à soixante minutes par site, permettant deux sessions de plongée en apnée et une pause sur la plage. Les opérateurs fournissent des masques, des palmes et des gilets de sauvetage ; les caméras sous-marines sont louées séparément. L'itinéraire de l'excursion de 3 îles à Phu Quoc évite les îles occidentales de l'archipel, qui restent des zones militaires restreintes. Les passagers du téléphérique débarquant à Hon Thom peuvent rejoindre des excursions abrégées de deux îles, bien que celles-ci contournent les jardins de corail plus profonds de May Rut Trong. Les prix des excursions fluctuent selon la saison, les horaires de l'excursion de 3 îles à Phu Quoc étant ajustés pendant les mois de mousson lorsque la houle dépasse un mètre.
La dégradation des récifs due aux dommages causés par les ancres et au contact des touristes a conduit à l'installation de bouées d'amarrage en 2019 à Gam Ghi et Mong Tay. Les guides informent désormais les plongeurs en apnée des protocoles « ne pas toucher » avant chaque entrée. Le plan de zonage de la zone marine protégée, révisé en 2022, limite le nombre de visiteurs quotidiens à trois cents sur l'ensemble des trois îles. Les opérateurs coordonnent les créneaux de départ via le bureau du capitaine du port d'An Thoi pour éviter les arrivées simultanées. Le modèle de conservation ici reflète les pratiques du parc marin Hon Mun de Nha Trang, où les frais d'utilisation financent les salaires des rangers et l'équipement. Les excursions d'île en île à An Thoi contribuent à environ dix-huit pour cent du budget d'exploitation annuel du parc marin, finançant des projets de transplantation de coraux et des enquêtes saisonnières sur les poissons.
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